Cada sistema operacional possui seus pontos fortes, além de recursos e compatibilidade com certos tipos de hardware mais especializados.
Mas quando se fala em qual deles é o melhor para se trabalhar com programação, não existe um consenso. Isso porque não se tem apenas um tipo de programação.
A programação voltada para o desenvolvimento web é diferente da voltada para jogos, que é diferente da voltada para aplicativos e por aí vai.
Resumindo: não existe um sistema operacional melhor e usar um ao invés de outro não te faz um desenvolvedor melhor ou pior. O que existe são ferramentas que podem te servir melhor em certas situações.
Qualquer sistema que você escolher, em tese, pode atender o objetivo de ser um sistema para desenvolvimento. O que irá mudar é a maneira com que você instala as ferramentas que você precisa e, ainda sim, hoje muitas dessas ferramentas rodam em todos os mais variados sistemas operacionais.
Existem, claro, exceções e cuidados que você precisa ter relacionados a usar uma tecnologia que está diretamente atrelada a algum sistema, como é o caso de desenvolvimento IOS.
Fora isso, o que você faz com o seu conhecimento e com o seu código é provavelmente mais importante do que o sistema que você usou para escrever ele.